Jaakko Uotilaa luonnehdittiin demokraattiseksi uudistajarehtoriksi. Hän oli julkisoikeuden professori, joka oli ennen Tampereen-aikaa työskennellyt valtiovarainministeriössä toimistopäällikkönä ja Helsingin yliopistossa hallinto- ja finanssioikeuden assistenttina.

Uotilan rehtorikauteen sijoittui yliopistojen raskas hallinnonuudistustaistelu, jonka yhteydessä uudistaja sai diktaattorin leiman. Hallinnonuudistus työllisti rehtoria, kun lukuisia komiteoita asetettiin ja tuotettiin jatkuvasti mietintöjä ja lausuntoja. Uotilan kaudella lakkoiltiin, saatiin opiskelijoiden edustus hallintoelimiin ja syntyi kolmikanta.

Uotila teki rehtorikautensa jälkeen tiliä hallinnonuudistuksesta todeten, että Suomessa yliopistojen rehtorit ja professorikunta joutuivat puolustustaisteluun opiskelijaradikaalien ja poliittisen eliitin yhdistyneitä voimia vastaan. Puolustustaistelussa yhteisen rintaman ja pääesikunnan luomiseksi perustettiin vuonna 1969 yliopistojen ja korkeakoulujen rehtorienneuvosto, jonka puheenjohtajajana Jaakko Uotila toimi 1970–1973.

Uotilan kaudella vietiin päätökseen jo 1960-luvulla alkanut hake lääketieteellisen tiedekunnan perustamiseksi. Lääketieteellinen tiedekunta aloitti Tampereella 1972. Myös paljon työtä vaatinut Tampereen Yliopiston valtiollistaminen saatiin päätökseen, kun yliopisto siirtyi valtiolle 1.8.1974. Yliopistosta tuli valtion organisatorinen yksikkö. Se menetti osan itsenäisyydestään. Yliopistoa alettiin pitää tavallisena valtion virastona.