Viipurissa vuonna 1927 syntynyt Sipponen kuuluu siihen nuorten miesten joukkoon, jolle uudet tieteenalat ja yliopistolaitoksen laajeneminen avasivat akateemisen uran suhteellisen nuorena. Viipurin klassillisesta lyseosta Helsingin Norssiin vuonna 1940 siirtynyt Kauko Sipponen suoritti ylioppilastutkinnon vuonna 1946. Viidessä vuodessa hänellä oli valmiina Helsingin yliopistosta ylempi oikeustutkinto sekä valtiotieteen kandidaatin tutkinto. 1940-luvun lopulla ja 1950-luvun alussa Sipponen opiskeli myös Englannissa Southamptonin University Collegessa (1949) ja Oxfordissa Ruskin Collegessa (1951–1952).

Kauko Sipponen tunnettiin jo 1950-luvulla laajalti yhteiskuntasuunnitteluun perehtyneenä tutkijana ja aktiivisena keskustelijana. Oikeustieteen tohtoriksi Sipponen väitteli vuonna 1965 tutkimuksella Lainsäädäntövallan delegoiminen.

Samana vuonna 1965 käynnistyi Tampereen Yliopiston taloudellis-hallinnollinen tiedekunta, johon perustettiin professuureja, joita ei aiemmin ollut suomalaisissa korkeakouluissa. Tähän ryhmään kuuluu Pohjoismaiden ensimmäinen julkishallinnon professuuri. 1960-luvun lopulla Tampereen Yliopistoon sijoittui uusien tiedekuntien ja tieteenalojen myötä useita nuorehkoja professoreja, jotka olivat suorittaneet akateemiset opintonsa ja opinnäytteensä Helsingin yliopistossa. Rehtori Paavo Koli etsi Helsingistä sopivia kandidaatteja Tampereen Yliopiston professuureihin.

Kauko Sipponen hoiti julkishallinnon professuuria aluksi virkaatekevänä ja vuodesta 1967 eteenpäin vakinaisena professorina. Sipposen virkaura jäi Tampereen Yliopistossa professorina kuitenkin lyhyeksi. Jo 1968 hänet rekrytoitiin valtioneuvoston kansliaan kansliapäälliköksi. Sipponen palasi vielä Tampereelle pariksi vuodeksi 1970-luvun alussa. Tällöin hän toimi taloudellis-hallinnollisen tiedekunnan dekaanina.

Tasavallan presidentti Urho Kekkonen alkoi järjestää 1960-luvulla iltapalavastaanottoja. Kauko Sipponen sai kutsun näihin tilaisuuksiin, joissa presidentti kasvatti luottomiehiä paitsi valtionhallinnon eri tehtäviin myös laajemmin yhteiskunnan tärkeille paikoille. Sipposen suhde presidenttiin muodostui kiinteäksi, kun hänet nimitettiin Tasavallan presidentin kanslian kansliapäälliköksi 1973–1976. Hänen uransa jatkui Keski-Suomen läänin maaherrana vuoteen 1985, ja tästä tehtävästä hän siirtyi Elinkeinoelämän valtuuskunnan (EVA) toimitusjohtajaksi.

Kauko Sipponen palasi Tampereelle 1990 yliopiston kansleriksi jäätyään eläkkeellä Elinkeinoelämän valtuuskunnasta. Kauko Sipponen on kutsuttu Jyväskylän yliopiston kunniatohtoriksi 1984 ja Tampereen yliopiston kunniatohtoriksi 1985.

Sipposen kirjallinen tuotanto on laaja, ja hän on julkaissut tutkimuksia, oppikirjoja, selvityksiä, raportteja ja tietokirjoja 1950-luvun lopulta aina 2000-luvulle. Hän on tarkastellut teoksissaan päätöksentekoa kansanvallassa, maakuntaitsehallintoa, kansalaisen asemaa hallinnossa ja Suomen hallintohistoriaa.