Professori Krista Varantola valittiin Tampereen yliopiston rehtoriksi keväällä 2004. Tällöin hän oli hankkinut jo paljon kansallista ja kansainvälistä kokemusta yliopisto- ja tiedehallinnosta.

Varantolalla oli takanaan kaksi kautta vararehtorina, ja hän oli toiminut 1990-luvulta lähtien lukuisten kansallisten ja kansainvälisten tutkimusneuvostojen ja säätiöiden johtoelimessä, esimerkiksi Suomen ja Yhdysvaltain Stipenditoiminnan Tukisäätiön (Fulbright-Finland FUSEEC) puheenjohtajana (2002–2003) ja jäsenenä sekä Pohjoismaiden ministerineuvoston korkeakouluyhteistyön johtoryhmän jäsenenä sekä Suomen Akatemian yhteiskunnan ja kulttuurin toimikunnan jäsenenä.

Krista Varantola tuli Tampereelle Turusta englannin kielen erityisesti kääntämisen teorian ja käytännön apulaisprofessoriksi vuonna 1989. 1980-luvulla kääntämisen teoria edusti uutta tieteenalaa yliopistossa. Varantola oli aloittanut uransa Turun kieli-instituutin lehtorina. Kääntäjänkoulutus uudistettiin 1980-luvun alussa ja kieli-instituutit liitettiin yliopistoihin. Tampereen yliopistoon perustettiin 1981 kääntäjänkoulutuslaitos ja aloitettiin kääntämisen ja tulkinnan koulutusohjelma. Monien uudistusten seurauksena Tampereen yliopistossa opiskellaan käännöstiedettä monikielisen viestinnän ja käännöstieteen maisteriopintoina.

Krista Varantolan rehtorikaudella Tampereen ja Jyväskylän yliopistojen opetus-, tutkimus- ja hallintohenkilöstö siirtyi kiskoille. Lähes kaikkien tieteenalojen ja hallinnon edustajat kulkivat kokouksissa ja palavereissa Tampereen ja Jyväskylän välillä. Näiden kolmen yliopiston piti muodostaa vuonna 2010 yhteenliittymä eli yliopistoallianssi. Tavoitteena oli tiivistää yhteistyötä ja kehittää työnjakoa. Allianssia varten nimitettyyn johtoryhmään kuuluivat Varantolan ohella Jyväskylän yliopiston rehtori Aino Sallinen ja Tampereen teknillisen yliopiston rehtori Markku Kivikoski. Yliopistojen tiiviimpää liittymää ei syntynyt, mutta allianssia tulokset näkyvät eri tieteenalojen yhteistyönä ja yhteisinä tutkimushankkeina, myös huippuyksikköinä.

Rehtorikauden jälkeen Krista Varantola nimitettiin Tampereen yliopiston kansleriksi kaudelle 2009–2014. Erityisesti tällöin hän jatkoi yhteyksien rakentamista ja ylläpitoa Kiinaan, jonne oli perustettu 25 pohjoismaisen yliopiston yhdessä ylläpitämä keskus, Nordic Centre. Krista Varantola on toiminut tämän keskuksen johtokunnan puheenjohtajana.

Myös kanslerikauden jälkeen Krista Varantolalla on ollut useita tiedehallinnon tehtäviä. Kotimaisella kentällä hän on kiinnittänyt erityistä huomiota tutkimuseettisiin kysymyksiin ja toiminut Tutkimuseettisen neuvottelukunnan puheenjohtajana. Vuonna 2016 hänet valittiin eurooppalaisen ALLEA-järjestön hallitukseen (All European Academies). Järjestö edistää erityisesti humanististen ja yhteiskuntatieteellisten alojen näkyvyyttä eurooppalaisessa tiedekentässä.