Tilastotieteen professori Tarmo Pukkila valittiin rehtoriksi keväällä 1987. Rehtorinvaalissa Tarmo Pukkila puhui kansainvälistymisestä, panostuksesta tutkimukseen ja ennen kaikkea tutkijakoulutukseen. Näihin teemoihin hän palasi toistuvasti kahdella rehtorikaudellaan.

Joulukuussa 1986 oli hyväksytty laki korkeakoulujen kehittämisestä. Yliopistoista piti luoda kannattavia ja mielekkäitä sijoituksia yhteiskunnalle. Opetusministeriö asetti yliopistoille tulostavoitteet, mutta sen myös piti turvata olosuhteet tuloksiin pääsemiseksi. Tarmo Pukkilasta tuli rehtori uudella aikakaudella, jolloin piti opetella uusi toimintakulttuuri. Tuloksellisuudesta ja arvioinnista tuli korkeakouluissa avainsanoja.

Tarmo Pukkila oli nimitetty tilastotieteen professoriksi vuonna 1980. Ennen professuuria hän oli toiminut assistenttina, yliassistenttina sekä suunnittelupäällikkönä tietokonekeskuksessa. Tarmo Pukkila oli aloittanut opinnot syksyllä 1966.

Tampereelle Pukkilan oli houkutellut uusi vuonna 1965 perustettu taloudellis-hallinnollinen tiedekunta ja erityisesti sen matemaattis-filosofinen opintosuunta. Tiedekuntaan oli perustettu uusia oppiaineita ja professuuria, joita ei muissa suomalaisissa yliopistoissa ollut. Tampereelle perustettiin 1965 Pohjoismaiden ensimmäinen tietojenkäsittelyopin professuuri ja tietokonekeskus. Uuden tiedekunnan piti kouluttaa uudenlaisia ammattilaisia

Tarmo Pukkilan rehtorikaudella toteutettiin yliopistossa useita uusia hankkeita, joihin kehittämislaki antoi mahdollisuuksia, ja joihin se toisaalta velvoitti. Uuden kehittämislain tarjoamat ”kultaiset vuodet” päättyivät 1990-luvun alun lamaan ja rakenteelliseen kehittämiseen.

Rehtorina Pukkila halusi saada opiskelijat liikkeelle. Tällöin mentiin mukaan vaihto-ohjelmiin mahdollisuuksien mukaan, kun elettiin aikakautta ennen ERASMUS-vaihto-ohjelmia. Rehtori itsekin kävi Oregonin yliopistossa ja toi sieltä ideoita.

Rehtori innostui hypermediaan ja yliopistossa avattiin syksyllä 1992 Hypermedialaboratorio. Samaan aikaan oli käynnissä kolmas rakennusvaihe. PinniA-rakennus valmistui syksyllä 1993.

Kaikkia ideoita ei onnistuttu viemään läpi. Monien pettymykseksi luonnontieteellistä tiedekuntaa ei Tampereen yliopistoon saatu.

Tarmo Pukkila halusi rakentaa tiiviimmät yhteydet yliopistossa ulkopuolelle. Uutena ideana Tampereen yliopistossa aloitettiin alumnitoiminta, kun yliopistolta ryhdyttiin ylläpitämään yhteyksiä valmistuneisiin ja työelämään sijoittuneisiin.

Rehtori Pukkila tuli tunnetuksi suurelle yleisölle, kun hän toimi tuomarina Yleisradion tietokilpailuohjelmassa Suomen Tietoviisas. Tarmo Pukkila siirtyi toisen rehtorikauden jälkeen vuonna 1993 sosiaali- ja terveysministeriön vakuutusosaston ylijohtajaksi.