Yhteiskunnallinen Korkeakoulu tunnettiin 1930-luvun Helsingissä Ruudun kouluna. Ensimmäisestä lähes kolmestakymmenestä toimintavuodesta Ruutu johti korkeakoulua lähes 20 vuotta, ja hänen rehtorikausiensa jaksot ulottuivat neljälle vuosikymmenelle.

Yrjö Ruudun tavoitteena oli yhteiskunnallisen tiedon ja yhteiskuntatieteiden vahvistaminen niin korkeakoulussa kuin yhteiskunnassakin. Tämä ajatus suuntasi hänen toimintaansa korkeakoulun kehittämiseksi.

Tullessaan ensi kertaa rehtoriksi Ruutu oli 38-vuotias, ja osa uuden oppilaitoksen opiskelijoista oli häntä vanhempia. Ruudulla oli takanaan värikäs ura ylioppilasjohtajana, Spalerjanan vankilan kokeena kalterijääkärinä ja aktivistina. Yrjö Ruutu väitteli ensimmäisenä Suomessa valtio-opista vuonna 1922 lähihistoriaan liittyvällä tutkimuksella Kansakunta : poliittinen tutkimus.

Ruudulle oli tärkeää kansan sivistystason kohottaminen. Kansalaiskasvatuksen ideoitaan hän saattoi kehitellä ja toteuttaa opetustyössään. Jo ennen rehtorinimitystä Ruutu oli laatinut korkeakoulun opetussuunnitelman ja perehtynyt vastaavan tyyppisten oppilaitosten toimintaan ulkomailla.

Rehtorina Yrjö Ruutu nautti suurta arvostusta opiskelijoiden keskuudessa. Jo ennen varsinaisen opetuksen alkamista Ruutu oli ideoinut oppilaiden oman yhdistyksen perustamista – olihan hän itsekin ylioppilaspoliitikko ja toiminut Helsingin yliopiston ylioppilaskunnan puheenjohtajana. Opiskelijoiden yhteistoiminta, oma organisaatio oli hänelle itsestäänselvyys. Yrjö Ruudun aloitteesta perustettiin se opiskelijoiden yhteisö, jonka seuraaja Tampereen Yliopiston Ylioppilaskunta eli Tamy on. Rehtori Ruutu halusi tukea lahjakkaita opiskelijoita, ja hän antoi säännöllisesti tietyn osan palkastaan opiskelijoiden stipendirahastoon.

Yhteiskunnallisessa Korkeakoulussa Ruutu opetti valtio-oppia ja historiaa. Valtio-oppi oli uusi tieteenala ja oppikirjoja ei ollut, joten Ruudun oli itse ne kirjoitettava. Vuosina 1931–1938 Ruutu toimi myös valtio-opin virkaatekevänä professorina Helsingin yliopistossa, ja oli silloin osin virkavapaana Yhteiskunnallisesta Korkeakoulusta.

Yrjö Ruudulla oli monta uraa. Hän ehti olla jäsenenä monessa puolueessa ja perustaakin muutaman. Ruutu oli valtioteoreetikko, joka seurasi aktiivisesti kansainvälistä politiikkaa ja yhteiskunnallista kehitystä. Hän vaikutti laajalti koulutuskysymyksiin myös Yhteiskunnallisen Korkeakoulun ulkopuolella.

1930-luvulla Ruutu toimi koulukomiteaan puheenjohtajana. Komitea hyväksyi yhtenäiskouluperiaatteen, vaikka kesti vielä vuosikymmeniä ennen kuin tälle periaatteelle rakentunut peruskoulu toteutui.

Vuonna 1945 Ruutu nimitettiin Helsingin yliopiston ylimääräiseksi professoriksi, jota tehtävää hän ei ehtinyt hoitaa siirtyessään kouluhallituksen pääjohtajaksi. Tämä merkitsi eroa rehtorin tehtävästä mutta ei korkeakoulusta. Yrjö Ruutu kertoi muistelmissaan, että kouluhallituksessa ollessaan hän tapasi ministereitä, hallitusneuvoksia ja kansanedustajia ja puhui heille korkeakoulunsa puolesta.

Ruutu palasi rehtoriksi 1950. Tällöin haettiin jo korkeakoululle uutta kotikaupunkia. Ruutu oli rakentanut neuvotteluyhteyttä Tampereen kaupunkiin, josta halusi saada vahvan isännän korkeakoululle, jota hän halusi laajentaa, ja jota hän oli pitkään johtanut.

Eläkkeelle siirryttyään Ruutu kirjoitti, että Yhteiskunnallinen Korkeakoulu perustettiin liian aikaisin. Yhteiskunta ei vielä 1920-luvulla kaivannut sellaista eikä ymmärtänyt korkeakoulun merkitystä.